ยอดนักสืบจิ๋วโคนันฉบับคนแสดงที่ 2 ชื่อว่าเผชิญหน้าองค์กรชุดดำ (ญี่ปุ่น: 工藤新一の復活！～黒の組織との対決 โรมาจิ: Kudo Shinichi no Fukkatsu! ~Kuro no Soshiki to no Taiketsu) ; (อังกฤษ: Confrontation With The Men In Black) ออกอากาศในประเทศญี่ปุ่นเมื่อวันจันทร์ที่ 17 ธันวาคม พ.ศ. 2550 เวลา 21.00-22.48 น. และนำมาออกฉายในประเทศไทยเมื่อวันเสาร์ที่ 12 กรกฎาคม พ.ศ. 2551

ในตอนนี้โคนัน รัน ไฮบาระ ไอ และดอกเตอร์อากาสะ ได้รับเชิญให้ไปร่วมงานเลี้ยงฉลองตำแหน่งนางงามญี่ปุ่น หรือ มิสแจแปนนีสค์ (Miss Japaneseque) ที่ซึ่งมีการขู่สังหารโคโตบุกิ คาเรน ผู้ครองตำแหน่งคนปัจจุบัน นอกจากนั้นเอโดงาวะ โคนันและไฮบาระ ไอได้รับประทานเค้กที่มีส่วนผสมของเหล้าที่มีส่วนผสมของสารที่ที่ช่วยเพิ่มความเร็ว (Enhancer) ในการเพิ่มจำนวนเซลล์เป็นทวีคูณ โดยไม่ทราบว่าเป็นเหล้าชนิดใด ทำให้ทั้งสองกลับร่างเดิมชั่วคราว ซึ่งเป็นเวลาเดียวกับที่องค์กรชุดดำกำลังไล่ล่าตัวมิยาโนะ ชิโฮะ (หรือ ไฮบาระ) ในขณะนั้นเอง โคโตบุกิ คาเรนก็ถูกสังหาร ชินอิจิต้องใช้ความสามารถของเขาเพื่อพาไฮบาระและทุกคนรอดจากการตามล่าขององค์กรชุดดำ ในขณะเดียวกันก็ต้องไขคดีฆาตกรรมที่เกิดขึ้นในงานอีกด้วย